使用叠加式恒温摇床进行酶反应的基本步骤如下：

1. 准备反应混合物：根据实验要求，准备含有酶、底物、缓冲液和其他必要组分的反应混合物。

2. 分配混合物：将反应混合物分配到适当的试管或培养皿中。确保每个容器中的混合物体积适合摇床的振荡幅度，以避免溢出。

3. 设置摇床参数：在摇床上设置所需的温度、振荡速度和时间。温度应设置为酶的最佳活性温度，振荡速度应足够以提供良好的混合，但又不至于破坏酶的结构。

4. 预热摇床：开启摇床，让其达到并稳定在所需的温度。这一步骤很重要，以确保反应混合物在加入摇床时就能在最佳温度下进行。

5. 加入反应混合物：将装有反应混合物的试管或培养皿放入摇床中。确保它们均匀分布在摇床上，以便均匀加热和振荡。

6. 开始反应：启动摇床的振荡功能，开始酶反应。反应过程中，摇床会保持恒定的温度和振荡速度，以确保酶反应的均匀性和重复性。

7. 监控反应：在反应进行过程中，可以通过观察或定时取样来监控反应的进程。根据实验需求，可能需要调整反应时间或温度。

8. 结束反应：一旦达到预定的反应时间，关闭摇床，取出反应混合物。根据实验目的，可能需要对产物进行分析或纯化。

使用叠加式恒温摇床进行酶反应时，需要注意的是，酶的活性和稳定性可能受到温度、振荡速度、pH值等多种因素的影响。因此，在进行实验前，了解酶的特性并优化实验条件是非常重要的。